كان للمؤسسة الاستشراقية حضورٌ ملموسٌ في مجمل أفكار فيلسوف الهند وشاعرها الشهير محمد إقبال 1877_ 1938 إذ تمكنت هذه المؤسسة من ترك بصمات واضحة في بعض نواحي تفكير إقبال، خاصة في ما يتعلق بموقفه من معالجة قضية التوجهات الفكرية في العالم الإسلامي المعاصر، وتنامي الاتجاهات الداعية للتحديث فيها. ويمكن تلمس أثر المؤسسة الاستشراقية في فكر إقبال من خال كتابه الشهير تجديد التفكير الديني في الإسلام (1928)، وعالج فيها جوانب تتعلق بقضايا تجديد الفكر الديني في الإسلام؛ فعمد في معرض معالجته تلك إلى عرض آراء العديد من المستشرقين ممن بحثوا في هذا الجانب، وحرص على دحض بعض النظريات الاستشراقية التي وجدها قائمة على أسس غير علمية.