في سنة 2011 ، أثارت الانتفاضات العربية التي لاقت ترحيبًا لخطابها المتعلق بالحقوق المدنية، الخشية من إمكان تفاقم الانقسامات الاجتماعية الطائفية الكامنة. ومع ظهور شبح الحكم الإسلامي ما بعد الربيع، وجد المسيحيون في مصر أنفسهم مضطرين إلى الاختيار بين استبداد شبه علماني واحتمال ديمقراطية طائفية. وبسبب المظالم الاجتماعية والاقتصادية ذاتها التي أثّرت في مواطنيهم المسلمين، وخيبة أملهم مع إهمال مبارك المتزايد للشؤون المسيحية، سرعان ما انضم العديد من المسيحيين إلى الانتفاضة على الرغم من الإدانات الصارمة الصادرة عن الكنيسة.
شهدت ثورة 25 يناير تحوّلًا في العلاقة بين ثلاثي الكنيسة والدولة والأقباط في مصر، إذ ما عادت الدولة قادرة على الاعتماد على الكنيسة لتعزيز دعم النظام في دائرتها. وتساءل كثير من الأقباط بجدية عن الوضع الراهن للقادة الدينيين غير المنتخبين الذين يعملون كممثّلي طوائف غير رسميين في الدولة، واختاروا بدلًا من ذلك التحالف مع مسلمين ليبراليين والمشاركة في الحياة العامة عبر منابر علمانية. لكن، نظرًا إلى الظروف الأخيرة المتمثّلة في هجمات طائفية متكررة وتصاعد ثقافة العداء ضد المسيحيين بسبب الحكم الإسلامي، لا تزال الكنيسة تحتفظ بدورها القيادي الرمزي، فقائدها البابا تواضروس الثاني يجاهر بالتعبير عن حقوق الأقليات في سياقها الوطني لا الطائفي. وعلى الرغم من أن العديد من الأقباط لا يزالون يعتمدون على البابا للتفاوض نيابة عنهم، فإنه يتعيّن على الكنيسة التكيف مع الضغوط الخارجية والداخلية المتغيرة، وإيجاد توازن دقيق بين دورها التقليدي كمتحدث باسم الطائفة والسماح في الوقت نفسه لأشكال سياسية أخرى بالوجود خارج إطار الكنيسة.